Взаимосвязь компонент проекта обеспечивается единством научно-учебной тематики проекта, единством подхода к решению концептуальных научно-технологических задач проекта, сквозной интеграцией целей трех основных компонент, а также структурой управления НОЦ, направленной на обеспечение достижения сформулированных целей.

Управление НОЦ включает в себя Совет НОЦ и его дирекцию. В состав Совета НОЦ входит 11 человек: ректоры ВГУ и МИРЭА, директор проекта, три руководителя основных компонент проекта (научно-исследовательской, образовательной и компоненты внешних связей), руководители трех основных научных направлений, по одному представителю от софинансирующих организаций и администраций регионов.

Дирекция НОЦ состоит из директора проекта, руководителей компонент проекта, координатора, финансового менеджера и делопроизводителя. Директор проекта является распорядителем кредитов НОЦ, обеспечивает общее непрерывное руководство НОЦ, выполнение решений Совета НОЦ, исполнение бюджета НОЦ и представляет НОЦ во всех организациях. Директор проекта - проректор но НИР ВГУ в силу характера своей работы имеет достаточно времени для выполнения обязанностей директора проекта.

Руководители компонент обеспечивают общее руководство по направлениям деятельности и несут ответственность за выполнение плана работы НОЦ по направлениям.

В рамках трех основных направлений научной деятельности организуются Советы направлений из числа ведущих исполнителей проекта и руководителей учебно-научных лабораторий.